El isomalto-oligosacárido se forma mediante hidrólisis catalizada por enzimas de almidón de diferentes cultivos de cereales (trigo, cebada, maíz), legumbres (lentejas, guisantes), arroz, tapioca (cassava), papa y otras fuentes de almidón. Las enzimas, incluidas la alfa-glucosidasa, la alfa-amilasa y la pullanasa, hidrolician los polisacáridos en el almidón para producir mono, di-, tri- y otros oligosacáridos más pequeños con enlaces de glicoside alfa-1,4 y alfa-1,6. Se agrega levadura para eliminar la glucosa que se puede formar como resultado de las reacciones de hidrólisis enzimática.
El paso final en la hidrólisis del almidón es un paso de sacarificación que produce jarabe de maltosa alto. El jarabe de maltosa contiene naturalmente di- y trioligosacáridos con enlaces de glucósidos alfa 1,4. Para convertir estas moléculas en moléculas funcionales y bajas en calorías, estos enlaces alfa-1,4 se convierten enzimáticamente en enlaces alfa-1,6, formando así IMO. Este paso se logra mediante la adición de una enzima, transglucosidasa (TG). Para resumir, la enzima TG convierte los maltooligosacáridos en IMO.